除教堂和某些与教堂相关的组织外，大部分免税组织都需要向国税局申报年度税务资料申报表或通知。
连续三年未申报的组织将自动失去免税资格。若自动撤销免税资格，将于第三年度纳税申报表或通知的原始申报截止日期生效。（国税法规第 6033（j）节）
自动撤销免税名单
国税局公布因未能连续三年按规定申报表 990、表 990-EZ、表 990-PF 或表 990-N（电子明信片）而自动撤销免税资格的组织名单（英文）。
该名单提供名称、雇主身份识别号码 (EIN)、组织类型以及向国税局提供的该组织已知最新地址、撤销生效日期和在名单中新增该组织的日期。对于已申请并获得恢复免税资格的组织，名单将载明恢复日期。国税局每月更新名单。
失去免税资格生效
若组织免税资格自动撤销，将不再豁免联邦所得税。因此，该等组织需要申报以下任意一项联邦收入所得税申报表并缴纳相关所得税：
- 表 1120《美国企业股份公司所得税表》（英文) PDF，截止日期为组织税年（英文）结束后第 3 个月的第 15 日
- 表 1041《美国资产和信托所得税表》（英文) PDF，截止日期为组织税年（英文）结束后第 4 个月的第 15 日
倘若组织自动撤销免税资格，将不再有资格接收可扣税的捐款，并将从免税组织累积清单（刊物 78）（英文）中删除。国税局还会发送一封信函通知撤销免税资格的组织。
捐赠人可以扣除在自动撤销免税资格名单中新增该组织之前已捐赠的捐款。组织一旦失去免税资格，州和地方法规将对其产生影响。
恢复免税资格
法律禁止国税局取消适当的自动撤销，也未规定有上诉程序。自动撤销免税资格的组织必须申请恢复其免税资格，即使该组织最初不需要提交豁免申请。
有四种（英文）恢复方式。
如果国税局确定该组织符合免税资格要求，将重新发出一份决定书。国税局还将在下一次更新的免税组织检索（英文）（第 78 号刊物《数据库》）以及国税局企业总档案（BMF）摘录中说明该组织有资格获得可扣税的捐款。捐赠人等可以凭借截至所述生效日期的最新国税局决定书，以及更新的免税组织检索工具和 BMF 摘录列示信息做出决定。